מדור מים וביוב עוסק בהקמה, שיקום ואחזקה של מערכות ומתקני ביוב במועצה האזורית. החברה הכלכלית אחראית על ניהול התכנון וניהול הביצוע של הפרוייקטים.
- הפעלת כללי הרשויות המקומיות (ביוב) וכללי תאגידי הביוב בעניין שפכי תעשייה.
- אכיפת הכללים כולל גביית אגרת הביוב.
- טיפול באיכות השפכים המוזרמים למערכות הביוב.
- הפרשת סכומים לקרן שיקום לטובת שיקום מערכות הביוב, עפ"י הכללים.